故事起源于1291年艾可地区（Acre）的圣耶路撒冷（Holy Land）。这一年，伊斯兰领袖苏丹亲率大军攻伐拉丁王国（LatinKingdom，由东征的十字军于1100年建立），拉丁王国陷落，城市也随之土崩瓦解。激战中，来自法国Carmaux的年轻骑士Martin奉圣殿骑士团最高领袖的命令，带着自己的老师Aimard和一个神秘的箱子，偷偷乘一叶扁舟逃入大海。但是这艘小船没能抵挡住大海的狂暴，从此杳无音讯。
故事很快跳转到现代都市纽约。大都会博物馆正在为 \"梵蒂冈珍宝展\"举办一场热闹的揭幕晚会，突然有四个人骑马冲进大厅。他们清一色圣殿骑士的穿着打扮，还戴着面具，人们顿时惊慌失措、乱作一团。正在现场的Tess观察到一个细节－－当为首的骑士神秘消失在纽约中央公园时，手里紧紧攥着一个刚刚从博物馆抢来的奇怪装置。
不久之后，这些 \"骑士\"的尸体被人发现，那个装置则不知下落。很显然，这东西相当重要，FBI于是派精锐特工Daley协助Tess调查此案。他们发现，十字军骑士团中隐藏着一段不为人知的黑暗历史，那个叫Martin的骑士是最后一名幸存的圣殿骑士，他离开圣城时带着一项绝密任务。为了弄清真相，两人穿越曼哈顿的墓地和下水道，跨越美欧亚大陆，闯进荒凉的土耳其高原……地中海上，他们乘坐的船只遭遇暴风袭击，被迫流落到一个荒无人烟的希腊小岛。他们离梵蒂冈秘密的中心越来越近，但是危险也随之而来……